如何优雅地做文献笔记（Obsidian+Zotero）

Obsidian 作为一款免费的本地化、轻量化笔记软件，使用体验高于大多数同类应用。内置插件市场，使用上限高，入门简单。本文从如何做文献笔记的角度介绍，给出 Obsidian 和 Zotero 联动的较完美解决方案，读者可先阅读文末的使用效果演示，判断这套方案是否符合自己的需求或喜好，再选择是否选用。

Zotero 配置

要完成整个笔记记录和导入，Zotero 仅需要下载Better BibTeX 插件，目的是设置文献引用格式，下载 .xpi 后缀文件，Zotero 中点击工具→附加组件→ Install Add-on From File，选中 xpi 文件地址即可安装使用。
依次点击 Zotero 的编辑→首选项→ Better BibTeX，打开该插件设置，引用格式公式中填入：

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auth.lower+year+shorttitle(1,0).lower

保存设置。
在我的文库下，Ctrl + A全选文献，右键→ Better BibTeX→刷新 BibTeX 引用。

Obsidian 配置

创建本地仓库

Obsidian 安装到本地，以下设置以 Windows 为例。
打开软件，创建本地仓库，完成后，会在仓库位置处创建一个仓库名命名的文件夹，单个仓库所有内容都包含在该仓库文件夹中，其下的 .obsidian 文件夹内包含该仓库的配置文件。

创建仓库

仓库文件夹

Obsidian 页面

安装插件

打开设置，第三方插件→关闭安全模式，之后点击浏览社区插件市场，搜索安装 Dataview、Zotero Integration 两个插件，安装完成，在设置→第三方插件栏点击插件对应的滑块，以启用插件。

关闭安全模式

安装插件

启用插件

注：安装过程不开启代理需要等待较长时间

插件设置

打开相应插件的设置页面，Zotero Integration 插件设置如下：

点击 Download 外部工具PDF Utility （可能会报错，不影响使用）
Database 选择 Zotero
Note Import Location 中填入导入的文献笔记要存放的文件夹，如 /Literature notes
Import Format下点击 Add Import Format，依次填入 Name、OutputPath、ImageOutput Path 如下

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Import Zotero Note   !可自定义

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/Literature notes/{{citekey}}.md

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Image/{{citekey}}/

设置 Template File ：返回仓库笔记列表，在仓库下新建笔记模板，填入以下代码

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# 标题::{{title}}

## 1.Abstract&Info
### 1.1 Abstract
{{abstractNote}}

### 1.2 Info
{% for type, creators in creators | groupby("creatorType") -%}  
{%- for creator in creators -%}  
**{{"First" if loop.first}}{{type | capitalize}}**::
{%- if creator.name %} {{creator.name}}  
{%- else %} {{creator.lastName}}, {{creator.firstName}}  
{%- endif %} 
{% endfor %}~
{%- endfor %}
**Date**:: {{date|format("YYYY")}}
**DOI**: {{DOI}}
**Publication**: {{publicationTitle}}
**PDF**: {{pdfLink}}
**Zotero**: {{pdfZoteroLink}}


## 2. Annotation
{%- macro calloutHeader(type, color) -%}  
{%- if type == "highlight" -%}  
<mark style="background-color: {{color}}">Quote</mark>  
{%- endif -%}  
  
{%- if type == "text" -%}  
Note  
{%- endif -%}  
{%- endmacro -%}

{% persist "annotations" %}
{% set newAnnotations = annotations | filterby("date", "dateafter", lastImportDate) %}
{% if newAnnotations.length > 0 %}
### Imported: {{importDate | format("YYYY-MM-DD h:mm a")}}

{% for each in newAnnotations %}
{{calloutHeader(each.type, each.color)}}
>{{each.annotatedText}} [jump to](zotero://open-pdf/library/items/{{each.attachment.itemKey}}?page={{each.page}}&annotation={{each.id}})

标注：{{each.comment}}
{% endfor%}

{% endif %}
{% endpersist %}

## 3.notes
{% persist “notes” %}


{% endpersist %}

可选项：在新建的模板文件中点击更多选项→增加文档属性→tags: Reading、Read ed

完成后，返回 Zotero Integration 设置，在 Template File 搜索框中填入新建的模板文件名，出现 [文件名].md 选项，选定。

Bibiography Style 中，选择 American Psychological Association 7th edition

设置总览#1

设置总览#2

Dataview 插件不需要更改设置，新建一个笔记用于总览笔记文件，填入以下内容（代码显示原因，最后一行需要修改为```），点击阅读视图即可显示导入文献笔记的列表，

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```dataview  
TABLE  
标题 as 标题,
FirstAuthor as 作者,
Date as 日期,
总结 as 主要贡献
FROM "Literature notes"
!!!    这一行修改为```   !!!

效果如下：

dataview页

快捷键设置

设置→快捷键→搜索 Zotero Integration:Import Zotero Note，可设置快捷键为 Alt + N.

使用效果演示

在Zotero自带的PDF阅读器即可阅读文献。包括勾画、对高亮内容添加标注（添加评论）.

zotero

在 Obsidian 中点击Alt+N（需要 Zotero 同时开启），弹出快速格式化引注弹窗（未置顶可在任务栏找到）.

输入文献作者/年份/标题部分信息，在提示列表中选定要导入的文献，Enter即可导入。

导入的笔记#1

导入的笔记#2

笔记中点击jump to链接可以跳转到 Zotero，打开 PDF 到对应的笔记位置。
在 3.notes %% begin undefined %% 和 %% end undefined %%之间添加的文字内容，再次导入同一篇文献时，不会被覆盖丢失。可在该部分定义总结字段，格式为总结::[文献主要贡献] ，在dataview文件中即可显示该文献主要内容。

缺点是，导入的笔记不能自动更新，在PDF中添加新的标注后，要手动再执行一次导入，才在原文件已有的内容后添加新的标注。不会创建新的笔记文件。